约公元前年，司马迁出生在黄河西岸夏阳克门一个世代为官的家庭。父亲司马谈任武帝的史官。司马迁出生时，他的父亲司马谈并没有做官，生活在龙门附近的农村。父亲司马谈对儿子抱有极大的期望，亲自对儿子进行了启蒙教育。
幼年的司马迁聪明懂事，每次出门放牛的时候，父亲一定要他带一册竹简，并总会叮咛他：“不要贪玩，昨天晚上教你的字，一定要记牢！”司马迁这时总会一手牵过牛绳，把竹简轻轻地往牛背上一搭，竹简便“嗒啦”一声，平稳地垂挂在牛背两边，然后他朝父亲笑笑，便走向田野。司马迁一个人的时候，就一边看着牛吃草，一边在地上反复地练写他的字。如果碰到有伴儿凑在一块时，他就跟小朋友们一起玩。有时候，他教小朋友认字，像日、月、牛、羊、水草、小鱼等等，这也是他们游戏的一种方式。小朋友们不管比他大或小，都跟司马迁相处得很愉快，也不觉得这个牛背上挂了竹简的同伴，有何奇怪之处，倒是佩服他能认得也写得出这么多好看而有趣的字来。
司马迁看着披在牛背上的竹简，在阳光照射下，闪着金光，他不由得想起父亲在农耕之暇，不计日夜地烧刻这些竹简是多么辛苦。于是，玩的时候，他跟小朋友尽情地玩，打滚追逐、玩泥爬树；练字的时候，便认真、专心致志地练。约公元前年，他的父亲司马谈来到西汉首都长安做“太史令”，司马迁也随父表来到这里。司马迁“十岁则诵古文”，父亲又替爱子寻得当时赫赫有名的领学大孔安国和董仲舒两位老师的指教，于是，年纪轻轻的司马迁便已成为通晓主要学问的青年学者了。据说，司马迁极富钻研精神，一次，在研究一段历史时，他发现几本书的记载都不一样，便收集起许多材料研究，最后才肯定《尚书》的记载是正确的。司马迁从《调书》中了解到他的故乡龙门山有一人“鯉鱼跃龙门”的神话故事，讲的是只要坚持勇敢地不断向上冲，一跃过黄河那道数十丈高的龙门急湍，就能化身为龙悠然邀游在彩霞之间。可是如果没跃过呢？还是黄河里的一尾鯉鱼罢了，迟早不是落人渔人的巨网、便是误食金钩，成为钓客们的美食。
这个美妙的神话故事，给了司马迁无数的還想，从那时起，他便盼望着自己有一天能跃过龙门，做一番值得骄傲的事业。司马迁20岁那年，朝廷发生一件大事：张赛出使西域成功地返回。司马迁和他的父亲都感到，张赛的回国将改变中国人唯我独尊的观念，天下不是只有大汉，还有那么多国家在大汉的周围，他们也是文明的国度，不见得全是蛮夷野人呢！真是天外有天哪！司马谈感到儿子即将成年，也正需要磨炼，他灵机一动，何不派儿子出去到各地游历，也可增长见识和阅历。恰好此时司马迁也是满怀幻想，打算走遍名山大川，实地考察历史遗迹。司马迁的这次漫游，是一次空前的壮举。他游历了祖国的大好河山，看到了各地不同的风俗习惯，也考察了他自幼从书本上看到的胜景遗迹，知道了很多历史名人的轶事。这使他开阔了眼界，扩展了胸襟，也培育了他的爱国之情。
司马迁在路经汉高祖的故乡沛郡一带时，逢人就打听，了解了许多有关汉高祖刘邦的传说。所有这些特殊的经历使他对汉朝政府有了更彻底的认识，并对他日后的命运有着莫大的影响，只是当时连司马迁自己都没想到罢了。司马迁游历归来，约公元前年到年之间，考上郎官，从此一直在皇帝身边做事。在此期间，他亲眼目睹了宫廷的昏庸无度和残暴的封建统治真相。公元前10年，司马迁的父亲逝世，去世前对儿子说：“我死后，你一定要接着做太史令”，现在国家富强，有许多史料需要记载，我不能完成修订通史的志愿了，你定要继承我的事业啊。”司马迁流着眼泪，坚定地回答说：“我没什么才能，但我一定会完成您的志愿。”听到儿子如此说，老人满意地闭上了眼睛。公元前年，司马迁做了“太史令”。做了“太史令”的司马迁，开始整理并阅读官中收藏的宝贵书籍和资料。但这项工作十分艰巨，由于所有的书都杂乱地堆在起，根本没有目录可查，司马迁必须通读它们，耐心地一点点寻找线索进行考证。司马迁费了几年的时间，每天埋头整理、考证史料。他绞尽脑汁、费尽心血，直到公元前年他41岁那年，才开始动手写《史记》。
公元前99年，发生的李陵事件改变了司马迁的生活。当时，李陵将军奉命进攻匈奴，因敌众我寡力量悬殊，又得不到李广利将军的支援，箭尽粮绝被俘。司马迁平日与李陵并无深交，但他仗义执言，进言汉武帝，认为李陵以兵力杀伤敌人2万人是有功的，李陵是虽败犹荣；而李广利将军以30万兵力，只杀敌1万，还损失了18万多的土兵，实是虽胜犹败，应该为自己的轻敌不尽责而负责。但由于李广利是汉武帝爱妃的长兄，汉武帝于是有意偏祖李广利，无故加罪司马迁。司马迁仅因对这一事件表明了看法而被关进监狱，受尽折磨，最后还以诬蔑皇帝的罪名被判处死刑。定罪之后的司马迁自认难逃一死，更是夜以继日在监牢写他的《史记》。他整日没命地挥刀竹简，拼命地刻写，只怕对不起父亲，只怕对不起那些过往的英雄豪杰，只怕没有人把他们的事迹写下来流传后世！司马迁拿刀的手指结了茧，茧破了流血，再结茧，再破，不知破了多少次，那简册也弄得血迹斑斑。眼看自己的死期将近，正在他为无法完成父亲的遗愿而伤心绝望的时候汉武帝颁布了一项赦命：判了死刑要活命的人，可以用50万钱来赎身，或是受以“腐刑”(割去睾丸)。司马迁没钱来赎身，如果接受腐刑的污辱，真不如一头撞死在墙上来得干净！是死或是接受腐刑？司马迁自己在内心做着激烈的斗争。一想到未完成的《史记》，他决心活下来，哪怕是忍辱苟活也要完成《史记》。
他司马迁要让世人知道自己的身体可以受辱，但自己的灵魂绝不受辱，他要活着用《史记》证明，自己的意志力可以抗拒一切侮辱。司马迁受“腐刑”出狱后，汉武帝任他做中书令，替皇帝管理文书。他对皇宫的观察更深刻了，这使他能在《史记》中尖锐而深刻地揭露封建统治者的黑暗和丑恶。他无论严冬酷暑，终日阅读和整理史料，细心地研究每个历史事件，每个地点、年代都认真考察，从不马虎，每一段话，每一个字都再三考虑，反复推敲、修改。公元前年，司马迁终于完成了《史记》这部巨著。司马迁为它花费了16年的心血，可以说是他用生命写成的。少年的司马迁，曾把长安当成龙门，青、壮年的时候，他把宫廷当成龙门，他一直都在尝试跃上龙门，一直到父亲死去，他才真正地看清楚《史记》才是他的龙门！在他付出腐刑的惨痛代价，著完《史记》后，他终于登上龙门了。
司马迁59岁那年，一个人悄悄地离家出走，失踪了。他的下落成了历史之谜，然而他的名子伴随《史记》在人间永垂不朽。